Exploiting a Throttle Mechanism for QEMU

This paper proposes the implementation of a throttle mechanism for QEMU in order to allow the testing of Cyber-Physical Systems via emulation.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Métodos baseados em grafos para desambiguação de conceitos biomédicos

Mestrado em Engenharia de Computadores e TelemáticaDesambiguação do sentido das palavras é a tarefa de atribuir um significado inequívoco a uma palavra ou termo ambíguo, tendo em conta o contexto em que este está inserido. O domínio da biomedicina contem um grande número de termos ambíguos, não identificar corretamente o sentido associado a cada termo tem um impacto negativo na performance de aplicações biomédicas tais como as de anotação automática e indexação, as quais são cada vez mais de extrema importância no contexto biomédico e clinico, dado o rápido crescimen-to da informação digital disponível para os investigadores. Este tese foca-se na desambiguação de termos biomédicos e apresenta uma solução que atribui identificadores únicos a palavras ambíguas baseando-se, para isso, no Unified Medical Language System (UMLS). O método proposto é uma aproximação baseada em fontes de conhecimento a qual não necessita de dados de treino, sendo assim uma solução generalizada que pode ser am-plamente aplicada para resolver ambiguidades no domínio biomédico. Este método baseia-se em grafos obtidos a partir do UMLS, tendo em consideração os conceitos presentes no contexto da palavra ambígua, e utiliza um algoritmo de PageRank para atribuir pontuações aos grafos. Adicionalmente foi desen-volvido e disponibilizado um web-service para uma fácil integração em aplica-ções de terceiros, com o objetivo de munir essas aplicações com um módulo fácil de usar e com grande potencial. O sistema foi testado e avaliado utilizando uma coleção de testes de desambi-guação de conceitos, desenvolvido pelo U.S. National Library of Medicine, especificamente o MSH WSD Test Collection, um conjunto de dados que con-tém mais de 37 mil ocorrências de 203 termos ambíguos. Os melhores resultados obtidos pelo sistema proposto alcançaram uma preci-são de 63.3% no subset do MSH WSD Test Collection.Word Sense Disambiguation (WSD) is the task of assigning a unique meaning to an ambiguous word or term, given the specific context it is inserted in. The biomedical field contains a large number of ambiguous terms, and not being able to correctly identify the correct sense associated to a term has a negative impact on the accuracy of biomedical applications such as automatic annota-tion and indexing, which are becoming of utmost importance in the biomedical and clinical world given the fast growing amount of digital information available to researchers. This thesis focuses on disambiguation of biomedical terms and presents a solu-tion that can assign unique identifiers to target words based on Unified Medical Language System (UMLS). The method proposed is a knowledge-based ap-proach where no training data is required, thus being a more general solution that can be widely applied to solve ambiguities in the biomedical domain. This method relies on graphs obtained from the UMLS, taking into consideration the concepts from the context of the ambiguous word, and uses a PageRank algo-rithm to score such graphs. Furthermore a web-service was developed and made available for an easy integration in third-party applications, in order to provide such applications with a powerful and easy to use module. The system was tested and evaluated using a WSD test collection provided by the U.S. National Library of Medicine, specifically the MSH WSD Test Collec-tion, a dataset containing over 37 thousand occurrences of 203 ambiguous terms. The best performing results of the proposed system achieve an accuracy of 63.3% for a subset of the MSH WSD Test Collection

A Computational Pipeline for Sepsis Patients’ Stratification and Diagnosis

Sepsis is still a little acknowledged public health issue, despite its increasing incidence and the growing mortality rate. In addition, a clear diagnosis can be lengthy and complicated, due to highly variable symptoms and non-specific criteria, causing the disease to be diagnosed and treated too late. This paper presents the HemoSpec platform, a decision support system which, by collecting and automatically processing data from several acquisition devices, can help in the early diagnosis of sepsis

Ensaio quantitativo em tempo real para o DNA do vírus da hepatite B (HBV) desenvolvido para detectar todos os genótipos do HBV

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of chronic liver disease worldwide. Besides genotype, quantitative analysis of HBV infection is extensively used for monitoring disease progression and treatment. Affordable viral load monitoring is desirable in resource-limited settings and it has been already shown to be useful in developing countries for other viruses such as Hepatitis C virus (HCV) and HIV. In this paper, we describe the validation of a real-time PCR assay for HBV DNA quantification with TaqMan chemistry and MGB probes. Primers and probes were designed using an alignment of sequences from all HBV genotypes in order to equally amplify all of them. The assay is internally controlled and was standardized with an international HBV panel. Its efficacy was evaluated comparing the results with two other methods: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) and another real-time PCR from a reference laboratory. Intra-assay and inter-assay reproducibilities were determined and the mean of CV values obtained were 0.12 and 0.09, respectively. The assay was validated with a broad dynamic range and is efficient for amplifying all HBV genotypes, providing a good option to quantify HBV DNA as a routine procedure, with a cheap and reliable protocol.O vírus da Hepatite B (HBV) é uma das principais causas de doença crônica do fígado no mundo. Além do genótipo, a análise quantitativa do HBV é amplamente utilizada para monitorar a progressão da doença e o tratamento. Em locais com recursos escassos, métodos baratos para o monitoramento da carga viral são desejáveis e, em países em desenvolvimento, sua utilidade já foi demonstrada para outros vírus, como o da Hepatite C e HIV. Neste trabalho, descrevemos a validação de um teste de PCR em Tempo Real para a quantificação do DNA do HBV utilizando sondas Taqman/MGB. Os oligos e sondas foram escolhidos usando um alinhamento contendo seqüências de todos os genótipos do HBV para garantir uma amplificação igual de todos eles. O teste possui um controle interno e foi padronizado com um painel internacional de HBV. Sua eficácia foi testada comparando-se os resultados com outros dois métodos: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) e outro PCR em tempo real realizado em um laboratório de referência. As reprodutibilidades intra e inter-ensaio foram determinadas e a média dos valores de CV obtidos foram de 0,12 e 0,09, respectivamente. O teste foi validado com uma ampla faixa dinâmica e amplificou com eficiência os diferentes genótipos de HBV, fornecendo uma boa opção para a quantificação de rotina do DNA do HBV, com um protocolo barato e confiável

Morphometric analysis of collagen in placentomes of dairy cows with normal delivery and with placental retention

The goal of this study was to quantify, by morphometric method, the collagen of maternal and fetal portions of dairy cows placentomes with normal delivery and with placental retention. Twelve cows were used and a placentome was obtained from each one soon after fetal expulsion. Eight cows showed normal placental delivery (Group 1) and four cows showed placental retention (Group 2). From each placentome a fragment was obtained, histologically processed and stained by Masson’s Trichromic. Volumetric proportions of maternal and fetal collagen were determined with a 25 point ocular (Zeiss K PL ocular 10xwith 25 points). There was no significant difference between groups (p>0.05) in volumetric proportion of maternal collagen (34.57 ± 5.47 and 32.04 ± 5.82, respectively) and in volumetric proportion of fetal collagen (9.85 ± 2,04 and 10.73 ± 2.47, respectively).O objetivo deste estudo foi quantificar, através de método morfométrico, o colágeno da porção fetal e da porção materna do placentoma de vacas leiteiras com liberação normal e com retenção de placenta. Foram utilizadas 12 vacas, das quais foi colhido um placentoma, imediatamente após a expulsão fetal, sendo que oito apresentaram liberação normal da placenta e constituíram o Grupo 1 e quatro apresentaram retenção e constituíram o Grupo 2. De cada placentoma foi obtido um fragmento que foi processado histologicamente. As lâminas foram coradas pelo Tricrômico de Masson. As proporções volumétricas do colágeno materno e do colágeno fetal foram determinadas com o auxílio de uma ocular integradora (Ocular integradora Zeiss KPL 10x com 25 pontos). Não houve diferença significativa entre grupos 1 e 2 (p>0,05), tanto na proporção volumétrica do colágeno materno (34,57 ± 5,47 e 32,04 ± 5,82, respectivamente) quanto na proporção volumétrica do colágeno fetal (9.85 ± 2,04 e 10,73 ± 2,47, respectivamente)

Resolução das equações de Maxwell por análise multiresolução usando wavelets interpolatórias

Doutoramento em Engenharia ElectrotécnicaUm dos métodos numéricos mais usados actualmente na análise e simulação de estruturas electromagnéticas é o FDTD, que está obviamente relacionado com uma representação em espaço físico dos campos. As vantagens desta representação incluem o modo simples como se pode aproximar as derivadas, o produto, a soma e a forma elegante de se aplicarem as condições fronteira. Contudo, e dependendo obviamente do problema, normalmente os vectores resultam densos, determinados pela menor dimensão a discretizar originando grelhas uniformes, o que porventura pode levar a uma sobre amostragem espacial e a um aumento do tempo de computação. Por esta razão, há interesse em métodos numéricos adaptativos que usem uma grelha mais refinada apenas em certas regiões do espaço, e menos refinadas noutras. Além disso, com a evolução temporal, é importante que seja possível redefinir as grelhas de uma forma dinâmica e automática, que permitam de alguma forma prever e acompanhar a evolução da solução com o tempo. Uma maneira de se conseguir grelhas adaptativas esparsas é usar representações baseadas em wavelets de primeira geração. Contudo, as wavelets de segunda geração apresentam outras vantagens tornando a representação mais próxima de uma representação em espaço físico. O método adoptado neste trabalho para a obtenção da grelha adaptativa é baseado nas técnicas de análise wavelet interpolatória. Usando este tipo de análise é possível a construção de um esquema de interpolação adaptativa que permite fazer a ligação entre os ambientes em que as grelhas são uniformes e aqueles em que são esparsas. Usando este método, a estrutura da grelha apresenta uma composição heterogénea: esparsa em regiões de suavidade e densa em regiões de variação mais acentuada. As equações de Maxwell são discretizadas usando wavelets interpolatórias em duas tipos de malhas: entrelaçadas e não entrelaçadas. É feita a comparação do desempenho de cada uma das malhas analisando o comportamento da dispersão e estabilidade e são retiradas as principais conclusões. Para se provar a viabilidade do método são apresentados diversos exemplos de resultados a 1D. Para um dos exemplos é também feita a comparação dos resultados obtidos por este método com os obtidos pelo FDTD.FDTD remains one of the most often used numerical methods for the simulation and analysis of electromagnetic structures. It is based on a sampled (physical) representation of the electromagnetic fields, leading to a number of advantages that include the ease with which sums, products and derivatives can be implemented, and the simple and elegant way of handling boundary conditions. However, FDTD leads in most problems to dense (non-sparse) vectors and matrices, determined by uniform meshes that may adequately represent localized details, but that usually oversample elsewhere in space, increasing the computation time. For this reason there is a growing demand for adaptive numerical methods based on adaptive meshes, that is, meshes that are finer in regions containing transients, and coarser elsewhere. Since fields evolve with time, spatial adaptivity is not enough. Time varying meshes, able to track the evolution of the solution in time as well as in space, are also necessary for the efficient solution of electromagnetic problems. One way of obtaining these sparse adaptive meshes is to drop sampled (physical space) representations, and adopt wavelet based representations. First generation wavelets lead to the required adaptive representations, but unfortunately do not seem as attractive when dealing with general boundary conditions, or when computing nonlinear functions such as the product. The methods adopted in this work emphasize second generation interpolating wavelets. Because these wavelets interpolate, it is possible to maintain the physical space representation, now based on nonuniformly sampled fields, and to handle boundary conditions in a simple way. Furthermore, the computation of products and sums is not difficult, and approximations to the derivatives can be obtained based on finite differences. We discretized Maxwell equations using two meshes, corresponding to the electric and magnetic fields. The meshes can be either staggered or nonstaggered, and adapt in space and in time to the nature of the fields. A comparison of the performance of the staggered and non-staggered meshes is presented, and conclusions are obtained as far as the stability and dispersion are concerned. In order to show the feasibility of the methods, 1D examples and comparisons with FDTD are described

Priming, seed quality and flowering synchronism in a seed production field of the maize hybrid gnz 2004

Com o objetivo de avaliar o efeito do condicionamento fisiológico e da qualidade de sementes sobre a época de florescimento de plantas de milho, foi realizado o presente trabalho. Foram utilizados lotes de sementes com qualidade fisiológica distinta de duas linhagens. Parte das sementes de cada lote foi condicionada em água, por período de 24 horas, totalizando quatro tratamentos, os quais foram avaliados na ausência e presença do "split" (sincronia de plantio) recomendado. Na área experimental, cada parcela foi composta por seis linhas de quatro metros cada uma, seguindo o delineamento de blocos casualizados com quatro repetições. Foram avaliadas a porcentagem da emergência das plantas em campo, altura das plantas, as datas em que ocorreram 50% e 100% de liberação do pólen e de emissão do estilo-estigma e, ainda, a data da ausência de liberação de pólen das plantas do parental masculino e receptividade do estilo-estigma para as do parental feminino e a data em que as sementes estavam no estádio de desenvolvimento LL3. Quando foram utilizadas sementes com alta qualidade e sem condicionamento, não houve necessidade de se efetuar o "split". O mesmo ocorreu com sementes não condicionadas e com alta qualidade do parental mais tardio, associadas com sementes de baixa qualidade e condicionadas do parental mais precoce. Foi observado, também, que a diferença existente no florescimento dos parentais praticamente se estendeu até o desenvolvimento das sementes no estádio LL3.In order to evaluate the effect of priming and physiological seed quality on maize flowering aiming the production of hybrid seeds, the following experimental procedure was carried out. Seed lots with distinct physiological quality of two lines were used. Part of each seed lot obtained was primed in water for 24 hours on a total of four treatments, which were evaluated in the presence and absence of the recommended split. In the experimental field, each plot was composed of six lines of four meters each, following the experimental design which consisted of a randomized complete block in four replications. The following variables were measured: percentage of field emergence, plant height, dates when 50% and 100% of pollen release and the emission of "stigma-style" occurred; moreover the date of no pollen release of male parent and receptivity of "stigma-style" towards the female parent and the date when the seeds were at stage ML 3 of development. When high quality seeds and no priming were used, it was not necessary to use the split. The same happened to high quality non-primed seeds of the later parent associated with low quality and primed seeds of the earlier parent. It was also observed that the difference in flowering date between the parents extended until the date of ML 3

¿Entre héroes y deidades? actos de sacrificio de la Edad del Hierro grabados en la roca 6 del monte de Porreiras (Noroeste de Portugal)

El objetivo de este trabajo es publicar los grabados rupestres del Monte das Porreira 6, situado en Paredes de Coura, en el no de Portugal. El estudio se ha basado en un levantamiento fotogramétrico y el posterior contraste con la determinación de la distancia geométrica. Se trata de una roca profusamente decorada con una larga diacronía de grabados. La fase inicial incluye el arte atlántico clásico, integrado en el Calcolítico Reciente. La segunda fase incluye la representación de équidos, jinetes y puñales con mango de antenas. Basándose en los paralelos de dichas armas, es posible integrar estos motivos entre la Edad de Bronce Final y la Edad de Hierro Inicial. También es posible observar el paso de una gramática abstracta, durante la primera fase, a una gramática figurativa, en la que se puede identificar una narrativa relacionada con los sacrificios humanos y de animales, asociada al uso de puñales con mango de antenas. Estas representaciones evocan un simbolismo que recuerda a los textos de Estrabón y objetos de bronce que contienen escenas de sacrificio. La última fase del grabado indica nuevos cambios simbólicos, con la valorización de acciones aisladas perpetradas por un jinete, portando un arma arrojadiza, que pueden representar a una divinidad o a un héroe.The aim of this work is to publish the rock engravings of Monte das Porreira 6, located in the council of Paredes de Coura, in the Northwest of Portugal. The study was based on photogrammetric surveys and subsequent contrast recurring to geometric distance determination. It is a profusely decorated rock with a long diachrony of carving. The initial phase includes Classical Atlantic Art, integrated in the regional Neo-Chalcolithic period. The second phase includes representation of several types of equids, horsemen, and antenna-hilted daggers. Based on parallels for such weapons, it is possible to integrate these motifs between the Late Bronze Age and an Early Iron Age of North-western Iberia. It is also possible to observe a change from an abstract grammar, during the first phase, to a figurative grammar, in which we can identify a narrative related to human and animal sacrifices, associated with the use of antenna-hilted daggers. These depictions recall a symbolism reminiscent of Strabo’s writings, including bronze objects containing sacrificial scenes. The final phase of engraving indicates new symbolic changes, with valorisation of isolated actions perpetrated by horsemen, carrying throwing weapons, which may be a representation of a deity or hero